• Det er behandlingsansvarlig kliniker som vurderer om TSO500-analysen er hensiktsmessig for pasienten.
• Rekvisisjonen sendes direkte til lokal InPreD-node, eller til der relevant tumormateriale er lagret.
• Kapasiteten er begrenset, og analysen er kostbar. Lokal patolog vil løpende vurdere rekvisisjonene og kunne omdirigere til annen test eller avslå test dersom man tenker det ikke er hensiktsmessig, bl.a. opp mot allerede tilgjengelige analysesvar.

• TSO 500 (TruSight Oncology 500 HT, Illumina) brukes til utvidet molekylær diagnostikk av solide svulster og hematologisk kreft. Analysen kan gi informasjon om genforandringer som kan være indikasjon for utprøvende kreftbehandling eller som i særskilte tilfeller kan ha diagnostisk informasjon.
• Målrettet sekvensering av DNA (523 gener) og av RNA (55 gener) detekterer mutasjoner, kopitallsendringer og/eller rearrangeringer. Analysen gir også et estimat på tumormutasjonsbyrde (TMB) og mikrosatelittinstabilitet-status (MSI). 

• TSO500 bestilles via rekvisisjon: Utvidede molekylære analyser InPreD
  • For identifisering av pasienten til Mol-MDT, ber vi om at pasientens NPR-nummer (Pasient-ID i DIPS) noteres inn i rekvisisjonen.

• Relevante kliniske opplysninger er nødvendig for seleksjon av materiale og best mulig vurdering av analyseresultat.
• Kommenter i rekvisisjonen om ny biopsi/annet materiale er tatt/ ev. dato planlagt til denne analysen.

• Det må kommenteres tydelig dersom prøvemateriale innsendt til ordinær histopatologisk analyse eller annen diagnostikk også er tiltenkt utvidet genpanelanalyse med TSO500 (på histologirekvisisjon). Dette for å sikre nok materiale til analysen og riktig prosessering før DNA/RNA ekstraksjon. Fyll da i tillegg ut rekvisisjonen: Utvidede molekylære analyser InPreD

• Fortrinnsvis formalinfiksert, parafininnstøpt (FFPE) tumorvev eller cytoblokk
• Ferskfrosset tumorvev eller cellepellet. Materiale må sendes på tørris.
• Blod/benmarg (sendes som ordinær molekylærpatologisk undersøkelse via MolPat med rekvisisjonen «Utvidede molekylære analyser InPreD» i tillegg til ordinær MolPat rekvisisjon: Molekylær hematopatologi
• Ferdig isolert DNA/RNA fra tumorvev. Ekstrahert materiale må sendes på tørris sammen med opplysninger om konsentrasjon og renhet, samt elueringsbuffer brukt.

Ved spørsmål, kontakt Enhet for utprøvende diagnostikk, prøvemottak, tlf: 22 78 24 46

Vi trenger:

• Ferdig utfylt rekvisisjonsskjema; «Utvidede molekylære analyser InPreD».
• Utvalgt prøvemateriale
• Kopi av alle relevante remisser

• For pasienter som har materiale på OUS innhenter vi materiale og remisser selv.

Forsendelse av ferskfrosset materiale:

• Dersom ferskfrosset materiale/DNA/RNA skal sendes, må det legges på tørris og holdes fryst. Ved forsendelse fra annet sykehus enn OUS, må prøvene sendes i boks med tilstrekkelig tørris (3 kg per døgn)

Adresse for levering av prøver/materiale og rekvisisjoner InPreD:

InPreD OUS-HF,

Radiumhospitalet

Enhet for utprøvende diagnostikk

Avdeling for patologi

OCCI, Blå lamell, Inngang 2A

Ullernchaussen 64

0379 Oslo

Leveres til bemannet resepsjon (4.etg.). Adgangskontroll, benytt ringeklokke ved dør. Se Åpningstider (Ekspedisjon, generelle henvendelser)

Det er viktig at rekvirent følger opp at forsendelsen leveres til riktig sted, og innenfor åpningstidene til mottaker. Forsendelser skal ikke sendes fredag, og må mottas før kl 12:00 på fredag.

• InPreD, Avdeling for patologi, Enhet for utprøvende diagnostikk. OUS-HF, Radiumhospitalet
• Ved spørsmål, kontakt enheten på tlf: 22 78 24 46

• Forventet svartid fra tumormateriale er mottatt er ca. 4-5 uker.

• Det benyttes 'neste-generasjons sekvensering' (NGS) fra Illumina.
• Programvare fra Illumina og Personal Cancer Genome Reporter (PCGR; PMID: 29272339), som er inkorporert i en egenutviklet bioinformatisk metode, brukes til deteksjon og annotering av varianter. Analysen er kjørt i "Tumor only"-innstilling og populasjonsdatabaser er benyttet for å ekskludere frekvente kimbanevarianter. Kvalitetssikring blir gjennomgått per enhet (chip) og per prøve sekvensert.
• For estimering av TMB benyttes antall ikke-synonyme mutasjoner detektert innenfor kodende DNA-områder delt på antall megabaser sekvensert. Filter for varianter som inngår i TMB-beregningen er satt til minimum 5% variant allelfrekvens og minimum 50 sekvensfragmenter som dekker mutasjonssete.
• TSO500-panelet analyserer 130 predefinerte MSI-seter for vurdering av MS-status. Et minimum av 40 slike seter må være analyserbare for å kunne pålitelig konkludere MS-status.
• For RNA analyse: En påvist rearrangering (fusjon eller spleisevariant) må ha minst 3 unike sekvenser (reads) som støtter funnet.
• I tillegg benyttes en rekke tilgjengelige databaser for funksjonsvurdering av varianter.

• Som hovedregel rapporteres kun varianter med klinisk og/eller diagnostisk relevans. Varianter annoteres med HG19/GRHc37 som referansegenom i henhold til Human Genome Variation Society (HGVS) nomenklatur. Kopitallsendringer rapporteres som hovedregel for klinisk relevante gener. Fusjoner og spleisevarianter (RNA) rapporteres som hovedregel ved funn av sannsynlig funksjonelt produkt. 

• Vedlagt ordinær rekvisisjon/rapport følger et vedlegg med detaljer om detekterte varianter og tilleggsinformasjon.

• Genvarianter som rapporteres er ikke-synonyme punktmutasjoner (missense), mindre insersjoner og delesjoner i kodende område, samt ekson/intron overganger.
• Kopitallsendringer rapporteres som hovedregel kun ved kopitall >6 og klinisk relevante kopitallstap.
• TMB rapporteres som antall mutasjoner per megabase.
• MSI-status rapporteres som «stabil» (< 10% ustabile seter), «antatt ustabil» (10%-20% ustabile seter) eller «ustabil» ( >20% ustabile seter).
• Fusjonstranskripter angis 5'-donor og 3'-akseptor med gjeldende ekson-bruddpunkt.
   

   

• Panelet er målrettet og vil ikke inkludere alle mulige varianter. Metodens sensitivitet vil dessuten påvirkes av prøvematerialets kvalitet og tumorandel i prøven. For estimering av kopitall må tumorandel som hovedregel være > 20 %.

• Resultater og tolkning er i henhold til, og innenfor rammene av kvalitet på prøvemateriale, det genomiske dekningsområdet til genpanelet, metodologi og anvendte kunnskapsdatabaser ved analysetidspunkt. Den operasjonelle pipelinen for TSO500-analyser ved InPreD OUS er i en utviklingsfase.

• Informasjon fra leverandør og genlister: • trusight-oncology-500-and-ht-data-sheet-m-gl-00173.pdf (illumina.com)