FHI har referansefunksjon for Salmonella. Påvisning av Salmonella i klinisk prøvemateriale er meldingspliktig til MSIS.

I tillegg til analyser på enkelt-isolater, bidrar referansefunksjonen til nasjonal epidemiologisk overvåking, utbruddsetterforskning, forebygging og bekjempelse av Salmonella mage-tarminfeksjoner.

For omtale av smittemåte, inkubasjonstid og sykdommer som bakterien forårsaker, se lenker lenger ned.

• Pasientrettet: Species og serovar bestemmelse for korrekt diagnose og smittevern for enkeltpasienmter
• Folkehelserettet: Utbruddsovervåkning og overvåkning av antibiotikaresistens.

Alle kliniske førstegangsisolater av Salmonella sendes som renkultur til FHI. Isolater som påvises ved eventuelt sykdomsresidiv mindre enn 3 måneder etter siste positive prøve skal ikke sendes inn med mindre det foreligger grunn til å mistenke reinfeksjon. Dersom Salmonella isoleres fra ulike prøvematerialer (for eksempel feces, blod eller urin), bør førstegangsisolatet fra «det klinisk mest alvorlige» materialet sendes inn.

• Renkultur av bakterieprøver

Alle prøver skal sendes inn sammen med utfylt rekvisisjonsskjema.

• Innsending av prøver til mikrobiologiske undersøkelser
• Praktisk veiledning: prøvemengde, medium, kjøling og pakking

• Alle innsendte Salmonella-isolater verifiseres spektrofotometrisk (MALDI-TOF MS) og undersøkes serologisk for tyfoide Salmonella. I tillegg benyttes en PCR for påvisning av d-tartrat (som skiller S. Paratyphi B fra S. Paratyphi B Java).
• I utbruddsituasjon benyttes evt. MLVA for å sannsynliggjøre tilhørighet til utbrudd.
• Helgenomsekvensering benyttes til å bestemme serovar, sekvenstype (ST) og klustertype (CT), det siste for påvisning av utbrudd.
• Antibiotikaresistens bestemmes i overvåkningsøyemed, og resultater publiseres i NORM-rapporten og rapporter fra ECDC og WHO (GLASS).

Agglutinering utføres mot utvalgte O- og H antisera fra SIFIN.

• Ha, Hb, Hd
• O2, O4, O9, Vi

Hvis agglutinering ikke kan utelukke S. Paratyphi B/ S. Paratyphi B variant Java, utføres d-tartrat PCR.

I utbruddssituasjon kan evt. MLVA benyttes for å sannsynliggjøre tilhørighet til utbrudd i påvente av NGS.

Helgenomsekvensering påviser sekvenstype (ST) ved multilokus sekvenstyping (MLST) [1] og clustertype (CT) ved kjernegenom MLST [2] i Ridom SeqSphere+.

Resistenstesting av Salmonella gjøres primært for rapportering til NORM:

1. fenotypisk AMR-testing med lappediffusjon i henhold til EUCAST protokoll for
   1. invasive isolater
   2. innenlandssmittede og smitte ikke angitt
   3. S. Typhimurium (inklusive monofasisk variant) uavhengig av smittested
   4. alle S. Typhi og S. Paratyphi A eller B uavhengig av prøvemateriale
2. Genotypiske resultater basert på bioinformatisk analyse med AMRFinderPlus.

Midlertidige svar sendes ut når det er funn av eller mistanke om S. Typhi, S. Paratyphi A eller B (inkludert variant Java), uavhengig av prøvemateriale. For invasive isolater sendes det også ut midlertidig svar dersom serovar ikke er oppgitt, eller dersom referanselaboratoriets resultat avviker fra serovaren rekvirenten har oppgitt. 

Endelige svar sendes når helgenomresultatet foreligger, og inkluderer serovar, sekvenstype (ST) og klustertype (CT).

• Telefonisk beskjed: gis ved agglutingeringsfunn som sannsynliggjør typfoid Salmonella, hvor innsendende laboratorium ikka har hatt mistanke om dette.
• Midlertidig svar: sendes vanligvis innen 2-3 arbeidsdager etter at prøven er mottatt. Forsinkelser kan forekomme.
• Endelig svar svares ut ca. 3 uker etter mottak.

Salmonella-analysene er ikke akkreditert, men kvalitetskontrollert i henhold til ISO 17025 (Prøving- og kalibreringslaboratorier).

Alle Salmonella-isolater fryses og oppbevares i minst 10 år.

• Nevena Milosavljevic (lege) 
• Lin Cathrine T. Brandal (forsker) 
• Joao Pedro Do Couto Pires (forsker)
• Ingerid Ørjansen Kirkeleite (senioringeniør)
• Velide Lamaj (overingeniør)

• Smittevernveileder for helsepersonell:
  • salmonellose
  • tyfoidfeber
  • paratyfoidfeber
  • oppfølging og kontroll av personer som håndterer næringmidler
• Vaksineveileder for helsepersonell: tyfoidvaksine
• ECDC temaside om salmonellose.
• ECDC sitt Food-and Waterborne Network, hvor representanter fra referanselaboratoriet deltar.
• EU/EØS rapporter hvor norske data på Campylobacter inngår:
  • ECDC: ecdc.europa.eu/
  • EMA nettside for JIACRA (Joint-interagency antimicrobial consumption and resistance analysis) rapporter.