Målet med veilederen er å skape en felles forståelse blant laboratoriene i Norge for kriteriene av egnethet til nukelinsyrer (DNA/RNA) isolert fra FFPE-materiale til bruk i NGS-analyser.

For å harmonisere persontilpasset kreftbehandling i Norge, er like egnethetskriterier for DNA/RNA avgjørende. Store ulikheter i egnethetskriterier kan føre til at samme tumorprøve kan anses som egnet til NGS-analyse i ett laboratorium, men betraktes som uegnet i et annet. Veilederen omfatter preanalytiske betingelser ved tumorvevet, DNA/RNA-isolering, kvantitering og kvalitetssikring av prøvematerialet som brukes til NGS-analyser.

For å sikre kvalitet i molekylære analyser anbefales tett samarbeid mellom patologi og utførende laboratorie for molekylære analyser, samt standardiserte prosedyrer og sporbarhet ved fremstilling av FFPE-materiale. Nye metoder hos patologiavdelingene bør testes for effekt på DNA/RNA-kvalitet før implementering. Automatiserte ekstraksjonsmetoder og fluorometrisk kvantitering øker reproduserbarheten. Ved lav kvalitet og/eller lav tumorandel bør resultatet vurderes kritisk.

Bakgrunn

I Norge benyttes ulike leverandører for NGS-analyse i kreftdiagnostikk. Kvalitet på DNA/RNA avhenger av flere faktorer ved behandling av FFPE pasientmateriale, f.eks.; fikseringstid på formalin, utvalg og uttak av tumormateriale fra FFPE. Dette regnes som egnethetskriterier for DNA/RNA. Ulike egnethetskriterier ved FFPE-materiale vil medføre at samme tumorprøve kan ansees som egnet til NGS-analyser i et laboratorium, men betraktes som uegnet i et annet. 

I kommersielle NGS-protokoller er det ofte et minimumskrav for DNA/RNA input i nanogram (ng) for NGS bibliotekspreparering. Ved sparsomt tumorvev er det ikke alltid disse kravene oppfylles. Enkelte laboratorier setter likevel opp NGS-analyser med mindre DNA/RNA input enn anbefalt. Feil håndtering av prøver kan medføre forsinket og forringet diagnose, noe som kan føre til rapporteringer av feil prøvesvar. Det er derfor behov for utvikling av en felles forståelse for egnethetskriterier. Felles forståelse for egnethetskriterier vil være både pasientnyttig og lede til bedre arbeidsflyt for NGS-analyser ved norske helseforetak.

Denne veilederen fokuserer på NGS, men mye av innholdet vil også være relevant for andre molekylære analyser som utføres på DNA/RNA fra FFPE-materiale.

Målgruppe

Målgruppen for veilederen er norske patologer og laboratoriepersonell, bioingeniører og molekylærbiologer som jobber med patologi og molekylærpatologiske analyser.

Mandat

Hensikten med veilederen er å sikre lik forståelse av kvalitetsindikatorer for DNA/RNA benyttet i rutinediagnostikk for molekylær analyse, og dermed sikre likeverdig tilbud for pasienten. Veilederen er skrevet av en nasjonal prosjektgruppe i regi av Nasjonalt kompetansenettverk for persontilpasset medisin (NorPreM).1

Veilederen baserer seg på rapporten “Nasjonale anbefalinger av pre-analytiske faktorer og ekstraksjon fra FFPE-materiale til bruk i NGS-analyser" publisert av NorPreM.2 Rapporten tar utgangspunkt i en spørreundersøkelse som ble besvart av patologiavdelinger og utførende laboratorier innen molekylærpatologi ved alle helseregionene i Norge. Resultatet fra undersøkelsen ble sammenfattet og brukt som utgangspunkt for utforming av nasjonale retningslinjer. I tillegg til erfaringsbasert praksis er det gjort litteratursøk for å underbygge der det er gitt spesifikke retningslinjer.

Det oppfordres til jevnlig gjennomgang av eksisterende anbefalinger for å følge den raske utviklingen som molekylærpatologi står i. Prosjektgruppen foreslår et revisjonsintervall på 3 år.

For mer utfyllende informasjon om tolkning av NGS resultat, henvises det til andre prosjektgrupper i NorPreM.3

Organisering av veilederen

Veilederen er skrevet etter oppfordring fra NorPreM, som en del av prosjektet “Nasjonale anbefalinger av pre-analytiske faktorer og ekstraksjon fra FFPE-materiale til bruk i NGS-analyser". Prosjektet inngår i NorPreM sin prosjektportefølje og er forankret i arbeidsutvalget i NorPreM. NorPrem er styringsgruppen for prosjektet, og eies av det interregionale fagdirektørmøtet. Prosjektstøtte er utført av administrativ enhet i NorPreM.

Initiativtaker for prosjektet er Hong Yan Dai, molekylærbiolog ved St.Olavs hospital. Prosjektgruppen har inkludert alle landets helseforetak underveis i prosjektet og veilederen har vært på høring til patologer, bioingeniører og molekylærpatologer hos alle landets helseregioner og relevante helseforetak.

Forfattere

Andre bidragsytere