Ved FFPE-materiale benyttes parafin for å danne en fysisk barriere på vevet og må derfor fjernes for å gjøre cellene tilgjengelig for lysering.  Det er viktig å påse at all parafin er fjernet før lysering da parafinet i tillegg til å være hydrofobt også kan gi mindre effektiv ekstraksjon ved å binde til kolonne og mangetkuler. I tillegg kan rester av parafin hemme amplifisering av nukleinsyrer i molekylære analyser.2

Den tradisjonelle metoden for fjerning av parafin er bruk av Xylen.  Ved bruk av Xylen er det viktig å påse at vevet blir rehydrert i etanol før videre lysering og enzymatisk behandling av vevet. Det finnes flere kommersielle aktører som har oljebaserte løsninger som fjerner parafinet og kan forbli i prøverøret ved lysering av prøvematerialet. De er mindre helseskadelig og har kortere hands-on tid.4 Oljebaserte løsninger brukes i flere av laboratoriene i Norge.

Lysering av celler kan utføres med ulike teknikker; fysisk, enzymatisk og kjemisk. Den vanligste teknikken for lysering av celler fra FFPE-materiale er enzymatisk ved bruk av lyseringsbuffer og Proteinase K. Ufullstendig enzymatisk nedbryting av vevet kan føre til redusert DNA/RNA utbytte. Påse at vevet er fullstendig nedbrutt før ekstraksjon. 

Langtidsbehandling over natt med Proteinase K har vist økt DNA/RNA-utbytte, og varmebehandling på 80-95°C reverserer formalin kryssbindinger, inaktiverer proteinase og øker ytterligere kvaliteten til NGS.12  Ta høyde for at de ulike ekstraksjonsmetodene har ulik ytelsesgrad med krav og variasjon med tanke på forbehandling.

Det finnes et bredt spekter av ekstraksjonsmetoder; kolonne- og magnetkulebaserte, som benyttes for FFPE-vev til NGS-analyser nasjonalt. De ulike ekstraksjonsmetodene og leverandørene har ulik effekt, renhetsgrad og bindingsevne som avgjør hvor mye nukleinsyre som bindes til membran eller kuler før kapasiteten er nådd. Automatiserte metoder anbefales for å øke reproduserbarhet og redusere mulighet for manuelle feil.3

Ved innføring av en ny ekstraksjonsmetode er det ulike faktorer å ta stilling til; risiko for kontaminering mellom pasientprøver for å opprettholde god pasientsikkerhet, antall prøver som kan renses samtidig for å kunne levere raske svar, i tillegg til brukervennlighet, type vevsmateriale og kvalitet på DNA/RNA etter ekstraksjonen. Kvalitet av DNA/RNA må også verifiseres mot nedstrøms analyse som skal benyttes. Kolonnebaserte metoder egner seg bedre til større vevsbiopsier, mens kulebaserte metoder gir generelt høyere renhet og mindre fragmentert DNA/RNA og egner seg best til mindre nålebiopsier.56

Formalin fiksering introduserer forskjellige kjemiske modifiseringer i DNA som kan føre til denaturering av dobbelttråden og baseendringer, spesielt i AT rike områder. FFPE- vev påvirker deaminering av cytosin til uracil på DNA som kan gi basefarendringene C>T/G>A1.

Behandling med enzymatisk behandling av DNA fra FFPE-vev kan benyttes, hvor Uracil-DNA-glykosylase (UDG) vil kunne fjerne uracil fra DNA, men det kan også føre til tap av fragment.1

Bruk av behandling av deaminering varierer mellom laboratoriene i Norge. Se faktorer som påvirker de kjemiske modifisering av DNA fra FFPE vev i avsnittet Vurdering og utvelgelse av prøvemateriale, hvor spesielt prepareatets alder påvirker deaminering av DNA.