Grunnlaget for god DNA/RNA-kvalitet legges i den preanalytiske fasen av arbeidet. Et tett og strukturert samarbeid med patologiavdelingen i forbindelse med prosessene ved fremstilling av FFPE-materiale er essensielt for å sikre god kvalitet på pasientmateriale til NGS-analyser. Sporing på de ulike laboratorieprosessene gjør det lettere ved behov for feilsøking og anbefales for best mulig arbeidsflyt.

Laboratoriepersonell med ansvar for ekstraksjon av nukleinsyrer bør involveres i beslutningsprosesser hvor patologiavdelingen endrer betingelser ved de preanalytiske forholdene, som f.eks. ved bytte av fikseringsmiddel, dekalsineringsløsning, parafinvoks, endret fikseringstid eller fremføringsprogram. Slike endringer bør valideres på molekylært nivå for å sikre at de ikke påvirker kvaliteten på DNA/RNA-analyser negativt.

På et organisatorisk nivå anbefales det at de molekylærpatologiske laboratoriene etablerer faste kommunikasjonslinjer med patologiavdelingen, med jevnlige treffpunkt. Dette vil legge til rette for effektiv informasjonsutveksling mellom enhetene og videre bidra til økt effektivitet og styrket pasientsikkerhet.

Økende sensitivitet i NGS-analyser medfører økt risiko for at kontaminasjon fra makrobeskjæring kan påvirke analyseresultatet. Dersom det ikke benyttes rene arbeidsforhold, inkludert skifte eller grundig rengjøring av underlag og utstyr som benyttet til makrobeskjæring, kan det foreligge fare for at vevsrester fra en prøve overføres til den neste. Slik kontaminering kan gi feiltolkning av genetiske funn og redusere analysen pålitelighet.7

Tid fra biopsien tas til prøven blir makrobeskåret før videre fiksering, fremføring og innstøping kan utgjøre en flaskehals på histologilaben. Prioriter preparat av små nålebiopsier eller lymfeknuter først og unngå at de blir liggende for lenge i fikseringsløsning i forhold til anbefalt fikseringstid på 24 t.

Dekalsinert prøvemateriale bør unngås da dekalsinering bryter ned nukleinsyrer. Ved behov anbefales bruk av bufret EDTA fremfor sterke syrer,3 samt bildeteknologi for å kunne stoppe dekalsineringen i tide. Faxitron teknologien benytter høyoppløselige røntgenbilder for å   lokalisere kalk i vevet og gir dermed mulighet for å tilpasse dekalisneringstid og kjemikalievalg.4  Instrumentet kan også brukes til å kartlegge om materiale (f.eks. beinmarg) har oppnådd porøsitet underveis i dekalsineringsprosessen og dermed stoppe dekalsineringen på et tidligere tidspunkt. Dette beskytter vevsstrukturen, bevarer morfologien og er gunstig for alle nedstrøms analyser.

Valg av raskere automatiserte fikserings- og fremføringsprosesser med høy temperatur kan redusere svartid og virke fordelaktig for pasienten, men må tilpasses kravene til både molekylærpatologiske og immunhistokjemiske analyser. Ved store forskjeller i optimale forhold bør det etableres dialog med klinikk og vurderes egne vevsuttak til molekylære analyser. Fiksering av prostata nålebiopsi anbefales f. eks 3–6 timers fikseringstid til NGS,8 mens lengre tid kan være nødvendig for immunhistokjemi. Overfiksering kan føre til formaldehyd-induserte kryssbindinger, deamineringer og fragmentering av nukleinsyrer og bør unngås for å oppnå en vellykket sekvensering.5 Dette kan f. eks oppstå for nålebiopsier som blir liggende i fikseringsmiddel over helg.  Se kapittel om Kvalitetsmål for tester som kan undersøke fragmenteringsgrad.